Le voyage de Suzume commence lorsqu'elle rencontre un jeune homme à la recherche d'une porte. Elle en trouve une trônant au beau milieu de ruines, dont elle saisit la poignée sans se douter qu'une vague de destructions déferlera dans tout le Japon. L'homme est formel : toute porte ouverte doit être refermée. Guidée par ces portes nimbées de mystère, Suzume entame un périple afin de toutes les refermer.